وعندما قامت حركة المقاومة الوطنية ضد المحتلين في أنحاء آناضول تحت قيادة مصطفى كمال باشا قام بديع الزمان بتأييد الحركة، ولما انتهت حركة المقاومة بالنصر ضد الأعداء وتأسس المجلس الوطني في مدينة "أنقرة" 1922 م استدعي سعيد النورسي عدة مرات إلى "أنقرة"؛ لما قام به من عمل دؤوب وجهاد ضد أعداء الإسلام..

واستقبل في المجلس الوطني في احتفال كبير، ولكن لم يلبث فوجئ بخيبة أمل، إذ وجد أن معظم النواب لا يصلّّّّّون ولا يهتمون بفرائض الدين، فألقى كلمةً مؤثرة في المجلس بدأ فيها:

"أيها المبعوثون! إنكم لمبعوثون ليوم عظيم"

ونتيجة لهذا الخطاب المؤثر بدأ حوالي ستون من النواب بأداء الصلاة، فغضب مصطفى كمال من هذا الطور، قائلاً: "نحن قد دعوناك للاستفادة من آرائك، ولكنك جئت متحدثاًً عن الصلاة، ورميت الخلاف فيما بيننا" فأجابه سعيد النورسي قائلاً: باشا! باشا! إن أعظم حقيقة بعد الإيمان هي الصلاة، فمن لم يصلّ فهو خائن، وحكم الخائن مردود..

بدأ مصطفى كمال يتراجع عن غضبه، فأراد إبعاده من مركز الحكومة، فعرض عليه أن يجعله مفتياً عاماً لبلاد كردستان. ولكن سعيد النورسي رفض هذا كلَّه.

ولم يلبث أن قرر التوجهَ إلى مدينة "وان" وسكن في جبل "أرك" في مكان منعزل من الناس.

ومع ذلك لم تطمئن الحكومة من وجوده هناك، فاعتقلته ونفته إلى مدينة "بوردر" ومن هناك إلى قرية "بارلا" الواقعة في غرب تركيا. وذلك سنة: 1925 م