İkinci Madde: Maarif-i İslâmiye ordusunun fırkaları olan ehl-i medrese ve ehl-i tekye ve ehl-i mektebe; ifrat ve tefrit ile birbirini tadlil ve techil ile hasıl ve ahlâk-ı İslâmiyeyi esasıyla sarsan ve âhenk-i terakkiyi ihlâl eden tebayün-ü efkârları ve tehâlüf-ü meşrebleri izale ve efkârı tevhid, meşaribi takrib zaruridir. Nasıl ki cesim bir fabrikayı mutazammın bir kasrın odalarının kapıları birbirine açılır, bir maksada hizmet eder; kezalik mekteb ve medrese ve tekye, teyid-i münasebet ile o kasr-ı âlî-i İslâmiyenin birer açık kapılı odası gibi olmak ve salonu da hükümet olmak lâzımdır. Tâ her biri diğerinin noksanını tekmil ile kaide-i taksimü’l-mesaî tatbik edilsin. Teyid-i münasebet şöyledir ki, mekâtib-i âliyede hakaik-ı İslâmiyeyi berahin ile okutmak ve medreselere de fünun-u lâzıme-i medeniyeyi, eski hükemanın bataklığına bedel, tedris olunmak ve tekyelerde de mütebahhirîn ulema bulunmaktır.
Üçüncü Madde: Devlet-i ilmiyede meşrutiyet-i ilmiye tesis etmektir. Tâ ki, efkâr-ı umumiye-i ilmiye feveran ile ağraz ve enaniyet ve evham ve şübehatı bel’ etsin. Zira her bir âlim, kendi fikrini herkese kabul ettirmekle taklid yolunu açmak ve taharri-i hakikatın yolunu seddetmekle bir nevi istibdad-ı ilmiye yapıyor. Elhasıl, istibdat gerek idare, gerek ilimde olsun, semerat-ı sa’yi istihlâkla istikbale istidbar ediyor. İdarede kuvvet kanunda olmalı ve ilimde de kuvvet hakta olmalı. Yoksa istibdat hükümferma olur.