ilm-i kelâmın İslâm dini hakkındaki şek ve şüphelerin reddine kâfi olmadığına kanaat hasıl etmiş ve fünunun tahsiline lüzum görmüştür. ^(Haşiye)

   Bu kanaatı hasıl ettiği o zamanda, ulûm-u müsbete denilen bütün fenleri tetebbua başlayarak pek kısa bir zamanda tarih, coğrafya, riyaziyat, jeoloji, fizik, kimya, astronomi, felsefe gibi ilimlerin esaslarını elde etmiştir. Bu ilimleri bir hocadan ders alarak değil, yalnız kendi mütalâası sayesinde hakkıyla anlamıştır. Meselâ; bir coğrafya muallimini, mübaheseye girişmeden evvel, yirmi dört saat içerisinde eline geçirdiği bir coğrafya kitabını hıfzetmek suretiyle, ertesi gün Van valisi merhum Tahir Paşa'nın konağında onu ilzam eder. Ve yine aynı surette bir muaraza neticesinde beş gün zarfında kimya-yı gayr-ı uzvîyi (inorganik kimya) elde ederek, kimya muallimiyle muarazaya girişir ve onu da ilzam eder. İşte pek genç yaşındaki mezkûr harikulâdeliklere ve bahr-ı umman halinde bir ilme malikiyetine şahid olan ehl-i ilim, Molla Said’e “Bediüzzaman” lâkabını vermiştir. Bediüzzaman, Van’da bulunduğu müddet zarfında, o zamana kadar edindiği fikir ve mütalâalar ve ilmî ve dinî tedris usullerini görmek ile ve zamanın ihtiyac-ı zarurîlerini nazar-ı itibara almakla kendisine mahsus bir usul-ü tedris icad eder. Bu da, hakaik-ı diniyeyi asrın fehmine uygun en yeni izah ve beyan tarzlarıyla isbat etmek suretiyle talebelerini tenvir etmektir.

   Molla Said, Van’da bulunduğu zamanlarda, bazı hususlarda o havalinin ulemasına muhalif bulunuyordu. ^(Haşiye) Bu hususlar şunlardır:

   1- Kat’iyen hiç kimseden hediye olarak para almamak ve maaş bile kabul etmemek. Evet hayatta hiçbir maddî mülkiyeti olmayıp, fakir ve kimsesiz ve daimî nefiy ve hapislerle çok sıkıntılı ve dehşetli musibetler içerisinde yaşadığı halde kimseden para ve mukabelesiz hediye almadığı, bilmüşahede görülmüştür.

   2- Hiçbir âlimden sual sormamak. Yirmi sene zarfında, daima ancak sorulanlara cevab vermişti. Bu hususda kendileri derlerdi ki: “Ben ulemanın ilmini inkâr etmem; binaenaleyh kendilerinden sual sormak fazladır. Benim ilmimden şüphe edenler varsa sorsunlar, onlara cevab vereyim.”