“Kur’an’da müşkilât vardır” dedikleri birinci şüphenin ikinci kısmına cevap:

   İşkâl dedikleri şey ya üslubun pek yüksek ve muhtasar olmasıyla mananın çok derin ve inceliğinden ileri gelir; Kur’an’ın müşkilâtı bu kabildendir. Veya ibarede karışık ve düğümlü noktaların bulunmasından neş’et eder; Kur’an-ı Kerim bu kısım müşkilâttan müberra ve münezzehtir. Acaba cumhurun zihninden uzak ve pek derin hakikatleri kolay ve kısa bir suretle avam-ı nâsın fehimlerine yakınlaştırmak ayn-ı belâgat değil midir? Belâgat, mukteza-i hâli müraattan ibaret değil midir. Hey gözlerin kör olsun herif!

 “Yaratılışta ve maddiyata dair meselelerde Kur’an mübhem geçmiştir” dedikleri ikinci şüphelerine cevap, şöyle ki:

   Şecere-i âlemde, meylü’l-istikmal vardır. Yani kâinatın, bir ağaç gibi, bütün zerratı ve eczası kemale meyleder ve kemale doğru yürümektedirler. O umumî meylü’l-istikmalden ayrı olarak, insanda da meylü’t-terakki vardır. Bu meylü’t-terakki çekirdek gibidir; neşv ü neması pek çok tecrübeler vasıtasıyla olur ve çok fikirlerin mahsulü olan neticelerin içtimaıyla teşekkül ve tevessü etmekle fünûnü intac eder. Bu fünûn da, mürettebedir; yani her ikinci fen, birincisinin neticesidir. Birincisi olmasa, o olamaz. Birincisinin ona mukaddime ve ulûm-u mütearife hükmünde olması şarttır. Buna binaen, bundan on asır evvel gelen insanlara fünûn-u hâzırayı ders vermek veya garip meselelerden bahsetmek, onların zihinlerini şaşırtmaktan ve o insanları safsatalara atmaktan gayrı bir faide vermezdi. Meselâ, Kur’an-ı Kerim, “Ey insanlar! Şemsin sükûnuna, arzın hareketine  ^(Haşiye)  ve bir katre su içinde binlerce hayvanatın bulunduğuna dikkat ediniz ki, azamet-i ilâhiyeyi anlayasınız” demiş olsaydı, bütün o zamanların insanlarını tekzibe sevk etmiş olurdu. Çünkü, hiss-i zâhirîye muhaliftir.